Mezigalaktická lovkyně odměn Samus Aran obdrží nouzový signál z havarované fregaty na oběžné dráze planety Tallon IV. Po prozkoumání se ukáže, že fregata je výzkumnou lodí vesmírných pirátů, na které se provádějí děsivé genetické experimenty s využitím záhadné látky Phazon.
Samus se zde setkává se svou nemesis, Metou Ridley, kterého pronásleduje až na povrch Tallon IV. Je jen na vás, abyste prozkoumali propojené oblasti planety, odkryli její temná tajemství a ukončili mezigalaktickou hrozbu, kterou Phazon představuje.
Procestujte rozmanité biomy planety Tallon IV, odhalte zlověstné experimenty vesmírných pirátů a shromážděte informace o toxické látce, která zanechala planetu v troskách. Při průzkumu můžete pomocí Power suit interagovat s mnoha stroji nebo odhalit užitečné informace o záhadné historii Tallon IV, V boji vám skenování nepřítele pomůže odhalit jeho slabá místa.
Legendární titul, který dal vzniknout zcela novému žánru (tzv. „metroidvania“) nyní přichází s mnohými vylepšeními. Kromě hezčí grafiky a nového dabingu a ozvučení, si v Metroid Prime Remastered můžete nastavit celou řadu herních prvků – od důležitých herních vysvětlivek počínaje, po upravené ovládání konče.